Le burn-out touche de plus en plus d’agents de la fonction publique, confrontés à une charge de travail intense et à une pression constante. Lorsqu’un médecin diagnostique un épuisement professionnel, la question du congé longue maladie (CLM) devient centrale. Mais quels sont réellement vos droits si vous êtes fonctionnaire en arrêt maladie longue durée ? La loi encadre précisément cette situation, et il est essentiel d’en comprendre les conditions, la durée et les conséquences sur votre traitement et votre carrière.
Sommaire
Qu’est-ce qu’un congé longue maladie pour burn-out ?
Le congé longue maladie (CLM) est un dispositif prévu par le statut général de la fonction publique. Il s’adresse aux fonctionnaires dont l’état de santé nécessite un traitement médical prolongé et une interruption durable du travail. Le burn-out, reconnu comme une pathologie d’origine psychique, peut donner lieu à un CLM s’il est confirmé par un médecin agréé et validé par l’administration.
La durée du congé longue maladie peut aller jusqu’à trois ans, dont un an à plein traitement et deux ans à demi-traitement. Pendant cette période, le fonctionnaire doit se soumettre à des contrôles médicaux réguliers pour justifier la poursuite de son arrêt maladie. Le médecin traitant, le comité médical et l’administration sont impliqués dans la décision de prolongation ou de reprise.
Comment obtenir un congé longue maladie pour burn-out ?
Pour bénéficier d’un CLM, vous devez suivre les étapes que voici :
- consulter un médecin ;
- établir un certificat médical ;
- transmettre le certificat à l’administration.
En effet, la première étape consiste à consulter votre médecin. Celui-ci établira un certificat médical détaillant la nature de votre maladie et la nécessité d’un arrêt prolongé. Ce document est ensuite transmis à l’administration, qui saisit le comité médical départemental.
Le comité évalue le dossier sur la base des éléments médicaux fournis et rend un avis. En cas d’acceptation, le fonctionnaire est placé en congé longue maladie pour une durée initiale maximale d’un an, renouvelable dans la limite de trois ans.
Il est important de noter que le CLM diffère du congé longue durée (CLD), réservé à des maladies plus graves ou chroniques. Dans le cas d’un burn-out, le CLM reste la procédure adaptée, car il reconnaît le besoin de repos et d’accompagnement médical sans rompre le lien avec le job ou l’emploi.
Quels sont vos droits pendant le congé longue maladie ?
Durant le congé longue maladie, le fonctionnaire conserve une partie de son traitement. Les douze premiers mois sont rémunérés à plein salaire, puis les deux années suivantes à demi-traitement. Cependant, certaines indemnités peuvent être maintenues selon les règles de chaque administration.
Le maintien du traitement dépend également des avis médicaux. Si le médecin constate une amélioration, une reprise progressive peut être envisagée. À l’inverse, une aggravation peut justifier un prolongement ou une reconversion professionnelle encadrée par le service de santé au travail.
En cas de désaccord médical entre le praticien et l’administration, le fonctionnaire peut faire appel de la décision. Cette procédure permet un nouvel examen du dossier et garantit le respect des droits du salarié public. L’absence de concertation ou une évaluation hâtive peuvent, en effet, porter atteinte au droit à la santé reconnu par la fonction publique.
Quelle reprise après un congé longue maladie pour burn-out ?

Le retour à l’emploi après un burn-out nécessite une réadaptation progressive. L’administration de l’entreprise peut proposer un temps partiel thérapeutique, permettant une reprise en douceur sous contrôle médical. Ce dispositif vise à éviter la rechute et à favoriser une meilleure gestion du stress.
Dans certains cas, si l’état de santé ne permet pas une reprise complète, une réaffectation ou une mutation peut être proposée. La fonction publique encourage aussi les actions d’accompagnement psychologique et les programmes de prévention des risques psychosociaux.
La nouvelle loi 2025 renforce ce suivi : elle impose aux employeurs publics une obligation de prévention du burn-out, avec des dispositifs d’écoute, de soutien et de formation pour les encadrants. Cette évolution marque une reconnaissance accrue du burn-out comme une vraie maladie professionnelle dans la fonction publique.
En résumé, le congé longue maladie est un droit essentiel pour les fonctionnaires victimes d’un burn-out. Il garantit un accompagnement médical adapté et une protection du traitement tout en assurant le maintien du lien avec l’administration. Grâce à la nouvelle loi 2025, les agents publics disposent désormais d’un cadre renforcé pour leur santé mentale et leur reprise professionnelle dans les meilleures conditions.
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Camille est une consultante en stratégie d’entreprise, avec un fort intérêt pour le développement personnel et la finance.











